Polityka zagraniczna RP, sformułowana po przemianach politycznych w 1989, określa ją polska racja stanu. Podstawowe cele polityki zagranicznej w latach 90. pozostawały niezmienne mimo zmian politycznych w parlamencie i rządzie. Są to: członkostwo w NATO oraz Unii Europejskiej, współtworzenie stabilnego systemu bezpieczeństwa europejskiego opartego na współdziałaniu NATO, UZE, OBWE oraz ONZ, utrzymywanie dobrosąsiedzkich stosunków z państwami regionu, działanie na rzecz współpracy regionalnej, zrównoważona polityka wobec Zachodu i Wschodu, popieranie procesów rozbrojeniowych, ochrona tożsamości narodowej i dziedzictwa kulturowego, rozwinięte kontakty z Polonią.
Polska i Izrael przywróciły stosunki dyplomatyczne 27 lutego 1990 roku po 23-letniej przerwie (od 1986 roku działała sekcja interesów PRL w Tel Awiwie). Bardzo ważna dla odnowy stosunków między Polską a Izraelem była wizyta w Izraelu w dniach 19-21 maja 1991 roku prezydenta Lecha Wałęsy, który w przemówieniu w Knessecie zaapelował o wybaczenie Polsce przez państwo żydowskie złych uczynków z przeszłości. Przy prezydencie Polski powstała też wówczas Rada ds. Stosunków Polsko-Żydowskich. 20 stycznia 1991 roku polscy biskupi w liście pasterskim jednoznacznie potępili wszelkie przejawy antysemityzmu. Polska była jednym ze sponsorów rezolucji przyjętej 16 grudnia 1991 roku przez Zgromadzenie Ogólne ONZ, znoszącej niesławną rezolucję z 1975 roku zrównującą syjonizm z rasizmem.
Przeszkodą w stosunkach dwustronnych były wciąż obecne w Polsce przejawy antysemityzmu - w Izraelu panowała wówczas nawet opinia, że postawa ta jest jednym z elementów kształtujących polską tożsamość narodową. Władze polskie starały się przeciwdziałać takiemu postrzeganiu Polski: w styczniu 1996 roku minister spraw zagranicznych Dariusz Rosati wystąpił na Światowym Kongresie Żydów i przepraszając za polski antysemityzm poprosił Żydów o wybaczenie pogromu kieleckiego, do którego doszło 50 lat wcześniej, w lipcu 1946 roku. Spory budziły też rozmaite aspekty historyczne, np. restytucja żydowskiego mienia. Obchody 50-lecia wyzwolenia obozu Auschwitz-Birkenau w styczniu 1995 roku ujawniły różnice między Polską a organizacjami żydowskimi, które zarzucały władzom polskim polonizowanie kwestii Oświęcimia i bagatelizowanie Holokaustu. W 1996 roku wybuch spór o budowę centrum handlowego w Oświęcimiu, mocno krytykowaną przez organizacje żydowskie.
Niemniej jednak stopniowo rozwijały się kontakty na najwyższym szczeblu. W kwietniu 1993 roku premier Izraela Icchak Rabin przybył do Polski na obchody 50-lecia powstania w Getcie Warszawskim. W maju 1995 roku wizytę w Izraelu w związku z obchodami 50-lecia zakończenia II Wojny Światowej złożył minister spraw zagranicznych Władysław Bartoszewski; wygłosił on przemówienie w Knessecie i spotkał się z wszystkimi izraelskimi przywódcami: prezydentem Ezerem Weizmanem, premierem Rabinem i szefem dyplomacji Szimonem Peresem. 6 listopada 1995 roku premier Józef Oleksy reprezentował Polskę na pogrzebie zamordowanego premiera Rabina.
14-17 stycznia 1997 roku Włodzimierz Cimoszewicz jako pierwszy polski premier złożył oficjalną wizytę w Izraelu, gdzie spotkał się z premierem Benjaminem Netanyahu i prezydentem Weizmanem oraz w Gazie z palestyńskim przywódcą Jaserem Arafatem. 20 lutego 1997 roku polski Sejm przyjął niezwykle istotną "ustawę o stosunku państwa do gmin wyznaniowych żydowskich", która umożliwiała restytucję majątku komunalnego, ale budziła kontrowersje (szczególnie za ochronę nieruchomości nabytych przez osoby trzecie w dobrej wierze).
W tym okresie niektóre amerykańskie środowiska żydowskie (m.in. lobbystyczna AIPAC) próbowały powiązać zgodę USA na wejście Polski do NATO z restytucją mienia żydowskiego. W związku z tym w marcu 1997 roku jeden z ważniejszych członków Komisji Spraw Zagranicznych Senatu Joseph Biden powiedział w Warszawie, że nawet gdyby Polska spełniła wszystkie inne kryteria, ale nie uporała się z wrogością wobec społeczności żydowskiej, USA nie będa mogły głosować za przyjęciem Polski do NATO. Ostatecznie jednak większość kół żydowskich poparła wejście Polski do NATO jako element umacniania porządku demokratycznego.
W 1998 roku doszło do znanego sporu polsko-żydowskiego o stojący na tzw. żwirowisku przylegającym do obozu Auschwitz wielki krzyż zwany „papieskim” (papież Jan Paweł II odprawiał pod nim mszę ku pamięci zamordowanych, choć w innym miejscu); jego usunięcia domagali się Żydzi, ale w obronie krzyża na żwirowisku demonstracyjnie wznoszono kolejne krzyże - w sumie ponad 300, co wywołało międzynarodowy skandal, który zakończył się dopiero przeniesieniem krzyży (za wyjątkiem papieskiego) w maju 1999 roku. W 2000 roku natomiast oburzenie na świecie wywołało otwarcie dyskoteki w byłej garbarni - miejscu pracy i śmierci wielu więźniów obozu Auschwitz, choć położonego około 1,5 kilometra poza strefą byłego obozu.
Afery te nie zaszkodziły jednak nabierającym intensywności polsko-izraelskim kontaktom politycznym. 23-24 kwietnia 1998 roku premier Netanyahu złożył wizytę w Polsce i wraz z polskim premierem Jerzym Buzkiem wziął udział w Marszu Żywych z Auschwitz do bramy Birkenau. 9-11 stycznia 1999 roku prezydent Kwaśniewski złożył wizytę w Izraelu i spotkał się z premierem Netanyahu; odwiedził też Ramallah i rozmawiał z Jaserem Arafatem. W sierpniu Kwaśniewski odwiedził Izrael po raz kolejny, teraz z prywatną wizytą i spotkał się z nowym premierem Izraela Ehudem Barakiem. 7-9 grudnia 1999 roku premier Buzek odwiedził Izrael spotykając się z prezydentem Weizmanem i premierem Barakiem, a także w Palestynie z Arafatem. 29-31 maja 2000 roku prezydent Kwaśniewski ponownie przebywał w Izraelu (zaraz po pielgrzymce papieża). W 2000-01 roku stosunkami polsko-żydowskimi zawładnęła sprawa masakry ludności żydowskiej w Jedwabnem w 1941 roku; 10 lipca 2001 roku prezydent Kwaśniewski wygłosił przemówienie podczas uroczystości żałobnych w Jedwabnem dokładnie w 60-lecie zbrodni i przeprosił „z powodu zła, które Polacy wyrządzili innym.” Generalnie Polskę chwalono za otwartość debaty na temat Jedwabnego i wyrażenie żalu przez najwyższe władze państwowe.
W kolejnych latach kontakty polsko-izraelskie były mniej częste, co wiązało się z wybuchem drugiej intifady palestyńskiej we wrześniu 2000 roku i ogólnie mniejszej aktywności zagranicznej najwyższych władz izraelskich. Wicepremier i szef izraelskiej dyplomacji Shimon Peres składał wizyty w Polsce 22-23 sierpnia 2001 roku i w kwietniu 2002 roku. 29-30 kwietnia 2003 roku premier Ariel Sharon złożył oficjalną wizytę w Polsce i wziął udział w uroczystościach z okazji 60. rocznicy powstania w Getcie Warszawskim. Z punktu widzenia stosunków polsko-izraelskich bardzo ważne było jednoznaczne poparcie przez Polskę kampanii antyterrorystycznej prowadzonej przez USA i uczestnictwo w interwencji militarnej w Iraku w marcu 2003 roku, co przekonało władze izraelskie, że Polska może być sprzymierzeńcem Izraela i stosunków z tym krajem nie należy postrzegać wyłącznie przez pryzmat tragicznej historii. Podobnie pozytywny wpływ miało przyjęcie Polski do Unii Europejskiej w maju 2004 roku.
W ostatnich latach ponownie zintensyfikowano bilateralne stosunki polityczne. Wicepremier Izraela Ehud Olmert złożył wizytę w Polsce w lutym 2004 roku. 29 lutego-1 marca 2004 roku prezydent Kwaśniewski złożył wizytę w Izraelu, podczas której uniwersytet hebrajski w Jerozolimie przyznał mu tytuł doktora honoris causa za wkład w budowę stosunków polsko-izraelskich. W październiku 2004 roku Polskę odwiedził wicepremier i szef izraelskiej dyplomacji Silvan Shalom. 15-16 marca 2005 roku Kwaśniewski złożył swoją ostatnią wizytę w Izraelu, gdzie wziął udział w otwarciu nowego budynku Muzeum Yad Vashem w Jerozolimie. 10-13 września 2006 roku prezydent Polski Lech Kaczyński złożył oficjalną wizytę w Izraelu, stając się pierwszym zagranicznym przywódcą odwiedzającym Izrael po wojnie tego państwa z libańskim Hezbollahem w lipcu-sierpniu 2006 roku. 8-10 kwietnia 2008 roku trzydniową wizytę w Izraelu złożył premier Donald Tusk. Kilka dni później z 4-dniową wizytą przybył do Polski prezydent Izraela Shimon Peres, biorąc udział w uroczystościach upamiętniających 65-lecie wybuchu powstania w Getcie Warszawskim. W dniach 12-15 maja 2008 roku prezydent Kaczyński po raz drugi odwiedził Izrael. Wyrazem poparcia Polski dla Izraela na arenie międzynarodowej było zbojkotowanie (wraz z państwami takimi jak USA czy Niemcy) w kwietniu 2009 roku Światowej Konferencji przeciw Rasizmowi, uważanej przez władze izraelskie za forum służące w rzeczywistości do atakowania państwa żydowskiego.
